Раздельный учёт НДС в клинике 2026: медуслуги по ст. 149 и остальное

Владельцы клиник, которые в 2026 году впервые стали плательщиками НДС, обычно проходят через одну и ту же последовательность. Сначала облегчение: медицинские услуги освобождены от НДС, значит, история не про нас. Потом звонок бухгалтера: декларацию сдавать всё равно нужно, а часть выручки под налог всё-таки попадает. И только на третьем шаге выясняется главное — нужен раздельный учёт НДС, а его методика должна быть утверждена приказом, а не жить в голове главбуха.

Эта статья — про третий шаг. Не про налоговую реформу в целом и не про выбор системы налогообложения: об этом мы писали в разборе НДС и УСН для стоматологии в 2026. Здесь только два вопроса: где проходит граница между медицинской услугой и всем остальным и как технически развести эти потоки в учёте.

Кто из клиник в 2026 году обязан считать НДС

С 1 января 2026 года порог освобождения от НДС для упрощенцев — 20 млн ₽ дохода. Если доход за предыдущий год не превысил лимит, освобождение предоставляется автоматически, заявление подавать не нужно. Если порог пробит в течение года, обязанность исчислять НДС возникает с 1-го числа месяца, следующего за месяцем превышения. ФНС подтверждает, что этот же порог закреплён на 2027–2029 годы Федеральным законом от 04.07.2026 № 228-ФЗ.

Дальше начинается ловушка, на которой спотыкается большинство клиник.

Порог считается по всем доходам, а не только по облагаемым. В расчёт идут все поступления по правилам ст. 346.15 НК — включая выручку от медицинских услуг, освобождённых по ст. 149 НК. Расходы доходы не уменьшают. Клиника с оборотом 45 млн ₽, где все 45 млн — чистая медицина по лицензии, тоже становится плательщиком НДС. Просто налог с этих услуг не начисляется.

Отсюда правило, которое стоит выучить: статус плательщика НДС и уплата НДС — не одно и то же. Первое возникает от оборота, второе — только от состава услуг.

Что ещё изменилось в 2026 году:

Пороги 272,5 и 490,5 млн ₽ в таблице — это индексированные значения (коэффициент 1,090), по которым ставка меняется при превышении дохода внутри 2026 года. Для входа на спецставку с 1 января 2026 года смотрят доход за 2025 год, и там пороги неиндексированные — 250 и 450 млн ₽ (ФНС, «Методические рекомендации по НДС для УСН'2026», раздел 7).

Спецставки 5% и 7% применяются без права на вычет входного НДС и требуют выдержки: выбранную ставку нужно применять минимум 12 последовательных кварталов. Для тех, кто впервые перешёл на спецставку в 2026 году, действует послабление: отказаться можно в течение четырёх последовательных кварталов начиная с квартала, за который подана первая декларация с этой ставкой.

Клиникам на ОСНО проще с формальной стороны: там раздельный учёт нужен независимо от выручки — как только клиника совмещает освобождённые и облагаемые операции (п. 4 ст. 170 НК).

Что считается медицинской услугой без НДС, а что нет

Освобождение работает по подпункту 2 пункта 2 статьи 149 НК и держится на трёх условиях одновременно:

1. организация или ИП имеет статус медицинской по Федеральному закону от 21.11.2011 № 323-ФЗ;
2. есть действующая лицензия на медицинскую деятельность, и спорный вид работ в неё вписан;
3. услуга входит в перечень, утверждённый постановлением Правительства РФ от 20.02.2001 № 132.

ФНС в разъяснении от 23.07.2026 формулирует условие жёстко: льгота держится на действующей лицензии, а косметические и санитарно-эпидемиологические услуги (кроме финансируемых из бюджета) из неё исключены.

Дальше — таблица, ради которой обычно и открывают такие статьи. Оговорка: последний столбец не заменяет разбор конкретного прайса, потому что вердикт зависит не от названия строки, а от того, что стоит за услугой.

Граница проходит по трём признакам: есть ли медицинское показание, есть ли медицинское вмешательство и есть ли соответствующий вид работ в приложении к лицензии. Название в прайсе не решает ничего — точнее, решает, но против клиники. Если услуга в чеке называется иначе, чем в номенклатуре лицензии, у инспекции появляется формальный повод снять льготу, и спорить придётся уже постфактум.

Отдельно про косметологию, потому что здесь источники расходятся. ФНС прямо исключает из льготы «косметические услуги». Отраслевые издания со ссылкой на письмо Минфина от 20.01.2026 № 03-07-07/2866 относят к освобождаемым в том числе «косметологию» и «сестринское дело в косметологии». Противоречия здесь нет: льгота привязана к медицинской помощи по показаниям, а не к слову в прайс-листе. Практический вывод — по каждой косметологической позиции у вас должно быть три вещи: показание в карте, вид работ в лицензии и название услуги, совпадающее с номенклатурой.

Тот же тест применяется к аренде кресла, если клиника сдаёт мощности врачам-ИП. Налоговые последствия такой схемы мы разбирали в материале про ИП-стоматолога и аренду кресла — для НДС важно, что аренда кабинета или кресла облагается НДС.

Как устроен раздельный учёт: методика и правило 5%

Раздельный учёт НДС в клинике — это два независимых контура. Их часто путают, и отсюда половина ошибок.

Контур первый — выручка. Освобождённые операции попадают в раздел 7 декларации по НДС с кодом операции, облагаемые формируют налоговую базу. Этот контур нужен всегда, при любой ставке, включая спецставки 5% и 7%.

Контур второй — входной НДС. Он работает по пункту 4 статьи 170 НК и нужен только тем, кто вообще имеет право на вычеты, то есть клиникам на общей ставке 22% и на ОСНО. Логика распределения такая:

• расходы, которые прямо относятся к освобождённым операциям (материалы для лечения, оборудование кабинета), — входной НДС в вычет не идёт, он увеличивает стоимость приобретения;
• расходы, прямо относящиеся к облагаемым операциям (закупка средств гигиены на продажу), — НДС к вычету в полном объёме;
• общие расходы (аренда здания, связь, бухгалтерия, реклама) — делятся пропорцией.

Пропорция считается за квартал: доля стоимости отгруженных облагаемых услуг в общей стоимости отгрузки. Умножаете входной НДС по общим расходам на эту долю — получаете сумму к вычету.

Теперь про правило 5%, ради которого клиники чаще всего и звонят бухгалтеру. ФНС описывает его так: если расходы на необлагаемые операции не превышают 5% от общих расходов, весь НДС по общехозяйственным расходам можно принять к вычету. Ключевое слово — расходы, а не выручка. Считается доля расходов за квартал.

Для клиники это означает простую вещь: правило почти никогда не работает. Медицинская часть — это зарплата врачей, материалы, оборудование, то есть основной массив затрат. Уложиться в 5% можно только в перевёрнутой конструкции, где медицина — эпизод, а основной оборот идёт от торговли или аренды. Проверять долю всё равно нужно каждый квартал, но строить на этом правиле налоговое планирование не стоит.

Что должно быть в учётной политике:

• сама методика раздельного учёта и момент её применения;
• перечень прямых расходов по облагаемым и необлагаемым операциям;
• порядок распределения общих расходов и формула пропорции;
• методика расчёта доли расходов для правила 5%;
• порядок документального подтверждения расчёта за каждый квартал;
• рабочий план субсчетов и аналитика в учётной программе.

Цена отсутствия методики прописана в самом пункте 4 статьи 170 НК: входной НДС нельзя ни принять к вычету, ни включить в расходы. Он просто сгорает.

Сквозной расчёт: клиника с выручкой 50 млн ₽

Возьмём типовую конфигурацию. «Семейная стоматология», Екатеринбург, УСН. За год: 32 млн ₽ — лечение по лицензии, 18 млн ₽ — немедицинская часть (эстетические процедуры без показаний, продажа средств гигиены, аренда кабинета врачу-ИП).

Шаг 1. Статус. Общий доход 50 млн ₽, порог 20 млн ₽ пройден — клиника плательщик НДС.

Шаг 2. Правило 5%. Доля освобождённой выручки — 64%, и расходная часть распределена примерно так же. Правило неприменимо, раздельный учёт обязателен.

Шаг 3. Сумма налога. Дальше всё зависит от того, оставляете вы цены как есть (тогда НДС выделяется из текущей цены) или поднимаете прайс на величину налога.

Разница между вариантами — 2,4 млн ₽ в год, и это при одинаковой выручке. Отсюда типичный вопрос: а не выгоднее ли 22% ради вычетов?

Считаем. Чтобы 22% сравнялись с 5%, вычетов нужно почти на 2,4 млн ₽, то есть закупок с НДС примерно на 13 млн ₽ в год с учётом налога в цене (база без НДС — около 10,9 млн ₽). Но принять к вычету можно не весь входной НДС: общие расходы делятся пропорцией, и в нашем примере к вычету пойдёт лишь 36% налога по ним. Материалы для лечения вычет не дают вовсе — они работают на освобождённые операции. В итоге у клиники с преобладающей медицинской выручкой спецставка 5% обычно выигрывает, а 22% начинает иметь смысл там, где немедицинское направление стало основным бизнесом: крупная розница, лаборатория, серьёзная аренда.

Вывод переворачивается ровно в двух случаях: доля немедицинской выручки перевалила за половину или клиника закупает много оборудования с НДС. Оба сценария требуют пересчёта на своих цифрах, а не переноса чужого вывода. Подробнее о выборе режима — в разборе налоговой оптимизации стоматологии.

Ошибки и риски доначислений

Считать, что порог 20 млн ₽ клиники не касается. Самая частая и самая дорогая ошибка: медицинская выручка учитывается в лимите наравне с любой другой. Клиника узнаёт о статусе плательщика с опозданием на квартал, и вместе с налогом приходят пени.

Держать методику в голове. Раздельный учёт без приказа об учётной политике инспекция не признаёт. Проверяющий смотрит документ, регистры и расчёт по кварталам, а не устные объяснения главбуха.

Одна номенклатура на всё. «Комплексная процедура» в чеке — подарок инспектору. Каждая позиция прайса должна сопоставляться с конкретным видом работ из приложения к лицензии, иначе разграничить льготу и облагаемую операцию невозможно даже добросовестно.

Применять правило 5% по выручке. Считается доля расходов. Расчёт по выручке даёт красивую цифру и неправильный результат, а вычет потом снимают целиком.

Чинить арифметику дроблением. Вывести немедицинские услуги на отдельное ИП или второе юрлицо, чтобы каждое осталось под порогом, — самый очевидный и самый просматриваемый ход. Признаки известны: общий персонал, одно помещение, единая касса, общий сайт и администратор. Цена вопроса — доначисление, пени, штраф 20% по ст. 122 НК, а при доказанном умысле 40%. Уголовный порог по ст. 199 УК начинается с 18,75 млн ₽ неуплаты за три года, особо крупный размер — свыше 56,25 млн ₽. Альтернативы разобраны в статье про дробление бизнеса в стоматологии.

Тем, у кого разделение уже было сделано раньше, стоит помнить про амнистию по статье 6 Федерального закона от 12.07.2024 № 176-ФЗ. Она применяется в беззаявительном порядке: отказом от схемы считается фактический расчёт налогов по консолидированным показателям группы. По разъяснениям отраслевых консультантов, 2026 год — последний, когда добровольный отказ ещё закрывает периоды 2022–2024 годов. Страховые взносы и нарушения, не связанные с дроблением, амнистия не покрывает.

Чек-лист: что сделать до конца квартала

1. Свести доход за год по всем поступлениям — включая медицинские. Понять, где вы относительно порога 20 млн ₽ и сколько месяцев до его прохождения.
2. Выгрузить прайс в таблицу и сверить с лицензией. Каждая строка должна иметь соответствие в приложении к лицензии либо честно уйти в облагаемые.
3. Разметить услуги на три группы: освобождённые, облагаемые, спорные. По спорным собрать обоснование — показание в карте, протокол, вид работ.
4. Утвердить методику раздельного учёта НДС приказом об учётной политике с формулой пропорции и порядком расчёта доли расходов.
5. Настроить субсчета и аналитику в учётной программе, проверить заполнение раздела 7 декларации и коды операций.
6. Пересчитать выбор ставки на своих цифрах — 5%, 7% или 22% — и учесть, что спецставка удерживает вас 12 кварталов (у впервые перешедших на неё в 2026 году есть окно отказа — четыре последовательных квартала с квартала первой декларации).
7. Раз в квартал считать долю расходов по необлагаемым операциям и сохранять расчёт в папку к декларации.

Отдельный управленческий срез — понимать, как растёт немедицинская часть. Статистика записей и подтверждений в кабинете МедПуш Бота показывает, какие приёмы реально состоялись, — это удобно сверять с выручкой по направлениям из МИС. Бухгалтерский учёт такая сверка не заменяет, но помогает заметить сдвиг структуры выручки раньше, чем он всплывёт в декларации.

Раздельный учёт НДС выглядит бухгалтерской рутиной, но по факту это управленческое решение: он показывает, сколько на самом деле зарабатывает немедицинская часть клиники после налога. Иногда после первого честного расчёта выясняется, что торговля средствами гигиены на витрине приносит меньше, чем стоит её налоговое сопровождение. Про смежные льготы и предельную нагрузку — в материале о налоговых льготах для стоматологии.